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物种树最大似然估计

干推断出最大似然估计基因树的集合聚结模式下的物种树是一个程序。该方案将返回正确的ML树，计算用户指定的一组最有可能的树木的树，或搜索的可能性。树搜索空间的方法是模拟退火算法。

STEM需要几个输入文件。第一，这是文件中提供的神器出山:www.shenqi73.com信息
的基因的树，这必须调用genetrees.tre的。此文件包含的基因树的枝长Newick格式。

必须根植于基因树和必须满足的分子钟，虽然程序将不会检查（您可能会得到一个错误，否则将运行不知疲倦奈特雷如果这何尝不是如此）。直接在每个基因树的前面是一个数字在方括号内，使该利率乘数为每一个基因。

此版本中的新功能：

·改进的输入和输出格式。
·允许不同的分类群中每个基因的样品，从而使分析时数据丢失的一些一些基因谱系。