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SEMPHY 2.0 Beta 1软件简介

工具为数据密集型系统发育重建

开发

SEMPHY是一个工具,为数据密集型系统发育重建。 SEMPHY推断系统发育的可能性最大,最成熟的标准找到正确的系统发育树。

SEMPHY搜索最可能的进化树的拓扑结构,和其分支机构的神器出山:www.shenqi73.com最佳长度。它使用结构EM算法的范式系统发育推论的一种新的计算方法,计算有效和高效地SEMPHY可以处理非常大的数据集,具有良好的精度和合理的运行时间。我们将参照EM程序作为的“SEMPHY的一步”。

所有的使用的SEMPHY“是由调用的可执行semphy,从命令提示符下,用一些参数:
semphy [参数...]

此版本中的新功能:

·A用户手册介绍了SEMPHY的选项和参数,并给出了共同使用的例子(该手册可下载后注册)
·新的迭代邻接的变种 - 使用贝叶斯推理的速度在每个站点(站点间的汇率变化),以提高准确性,NJ。在用户手册 - 后选项。该算法被描述在Ninio等。 2006年(参考)
·新NJ可以使用自己的,或在树随后的SEMPHY搜索的最大似然树作为初始猜测。
·处理成千上万的序列数据集。请参阅在用户手册上的“运行大型数据集上”。

上一个软件:非牛顿轨道模型_Non-Newtonian Orbit Model

下一个软件:DFDC 0.70

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软件简略信息
  • 软件大小:512 KB
  • 下载次数:99
  • 更新时间:2013-02-25 18:16:00
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