SEMPHY 2.0 Beta 1

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SEMPHY 2.0 Beta 1

工具为数据密集型系统发育重建

开发

SEMPHY是一个工具，为数据密集型系统发育重建。 SEMPHY推断系统发育的可能性最大，最成熟的标准找到正确的系统发育树。

SEMPHY搜索最可能的进化树的拓扑结构，和其分支机构的神器出山:www.shenqi73.com最佳长度。它使用结构EM算法的范式系统发育推论的一种新的计算方法，计算有效和高效地SEMPHY可以处理非常大的数据集，具有良好的精度和合理的运行时间。我们将参照EM程序作为的“SEMPHY的一步”。

所有的使用的SEMPHY“是由调用的可执行semphy，从命令提示符下，用一些参数：
semphy [参数...]

此版本中的新功能：

·A用户手册介绍了SEMPHY的选项和参数，并给出了共同使用的例子（该手册可下载后注册）
·新的迭代邻接的变种 - 使用贝叶斯推理的速度在每个站点（站点间的汇率变化），以提高准确性，NJ。在用户手册 - 后选项。该算法被描述在Ninio等。 2006年（参考）
·新NJ可以使用自己的，或在树随后的SEMPHY搜索的最大似然树作为初始猜测。
·处理成千上万的序列数据集。请参阅在用户手册上的“运行大型数据集上”。