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估计枝长的同义和非同义替换

在BN-BS应用的开发，估计枝长的同义和非同义替换每个站点，而树的拓扑结构。

该方案采用修改后的的内Gojobori方法估计成对的同义和非同义目前序列之间的距离，然后使用普通最小二乘法估计枝长，他们的差异。

要使用该程序，你需要一个输入文件，其中包含的神器出山:www.shenqi73.com蛋白质编码DNA序列（见infile中的一个例子）。此文件的开头两个数字序列和每个序列的核苷酸序列（序列长度）的数目的数目。将第二行的第一序列的名称，将第三行的第一序列，并依此类推。

只有A，G，C，T，A，G，C，和t是允许的序列。差距应该除掉，并应符合事先序列。该文件的最后一行是树的拓扑结构的序列。的树格式作为PHYLIP包（费尔森斯丁1995）中所用的是相同的。注意该树无根，所以硝化而非bification的所需的最深的分支节点