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Circonspect,也被称为,控制研究CONTIG光谱)建立以产生重叠群谱是基于随机子集的宏基因组的组装。
然后可以建模的重叠群光谱下游获得多样性估计(例如与PHACCS)。
可以创建不同种类的神器出山:www.shenqi73.com重叠群谱:α-多样性,混合重叠群谱,γ-多样性和交叉重叠群谱,β多样性的标准重叠群的频谱。
构建一个交叉重叠群的频谱要求建立一个混合的的重叠群光谱,这需要几个选定的宏基因组(FASTA文件)的基础上建立正常重叠群谱。
Circonspect使用一个的索引序列数据库来存储临时数据。任何汇编程序支持最小重叠长度和相似适于,在这个时候,Minimo浏览器,TIGR的汇编程序,汇编程序LIGR,CAP3和Newbler支持。
当多次重复进行(引导程序),平均重叠群频谱是
计算出来的。用户可以控制通过修整它们到一个给定的长度,除去小于一个阈值的序列的序列的大小。
上一个软件:R-曲线_R-Curve
下一个软件:光谱_Spectra