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系统发育推断包(PHYLIP)是一个软件包,推断进化树(谱系)。
包中提供的方法包括简约,距离矩阵,似然方法,包括引导和一致树。
可以处理的数据类型包括分子序列,基因频率,限制性酶切位点和片段,距离矩阵,和离散的字符。
该方案是通过菜单控制,要求用户要设置哪些选项,并允许他们开始计算。从一个文本文件,用户可以准备使用任何文字处理器或文本编辑器(但重要的神器出山:www.shenqi73.com是,这个文本文件的特殊格式,文字处理器的数据读入程序 - 它应该是在“平ASCII”或“仅文本”格式)。
clustalw的联合计划的一些序列分析程序,如可以写在PHYLIP格式的数据文件。大部分节目寻找一个名为“INFILE”中的数据 - 如果他们没有找到这个文件,然后要求用户输入的数据文件的文件名。
输出写入到文件的名称,如“输出文件”和“outtree”。树书面到“outtree”的Newick格式,非正式同意的标准于1986年由作者的一些主要的系统发育包。
获取PHYLIP,并给它一个尝试,以便充分评估其能力!
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