IQPNNI 3.3.2

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IQPNNI 3.3.2

重要四方困惑与NNI操作

名称IQPNNI代表重要四方困惑与NNI操作。一个有效的树重建的方法（IQPNNI），引入到DNA或氨基酸序列数据的基础上重建的系统发生树。我们的方法结合了各种快速算法生成一个列表潜在候选树。

主要成分是所谓的神器出山:www.shenqi73.com重要四重奏（智商），它允许计算在O（N ^ 2）的时间为n序列中间的树的定义。得到的树，然后进一步优化了应用最近的邻居交换（NNI）操作。随后，一个随机的部分序列迄今发现的最好的树被删除。

使用的重要的的四重唱令人费解（IQP）算法在较小的树，被删除的序列，然后重新插入。这些步骤重复几次，最好的树，相对于似然准则，被认为是作为推断的系统发育树。此外，我们建议的规则，这表明何时停止搜索。

下面是一些主要特点“IQPNNI”：

路模型的参数估计参数丰富的模型在极少数情况下失败
路殷钢+伽玛率异质性
路GCC 4.3.2的兼容性问题，
现在从最初的距离和校正后的最大似然的距离的两倍重建路BIONJ树

此版本中的新功能：

路模型的参数估计参数丰富的模型在极少数情况下失败
路殷钢+伽玛率异质性bug修复
路GCC 4.3.2的兼容性问题，
现在从最初的距离和校正后的最大似然的距离的两倍重建路BIONJ树