SEQ根1.3.2_Seq-Gen 1.3.2

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SEQ根1.3.2_Seq-Gen 1.3.2

模拟的演变的核苷酸或氨基酸序列

SEQ根的开发是一个程序，将模拟沿亲缘关系的演变核苷酸或者氨基酸序列的，使用的替代过程中的常见机型。

一系列的分子进化的模型，包括一般的可逆模型。可给予国家的神器出山:www.shenqi73.com频率和其他参数的模型，在多种方式中，也可以掺入特定于站点的速率异质性。任意数量的树木可能会被读入程序将产生任意数量的数据集，每一棵树。

因此，大集的复制模拟，可以很容易地创建。它被设计为一个通用的模拟器，采用大部分常用的（和计算易处理）的模型的分子序列进化。

SEQ-Gen是一个命令行控制在ANSI C编写的程序，它应该很容易地编译和运行在任何UNIX系统或工作站。本文介绍了在UNIX机器上使用的序列根。该应用程序需要的内存量，每个模拟序列数据集的大小成比例。

运行SEQ根
要运行序列根输入：

的起根[参数] [树]> [序列]

[参数]是该程序的参数（下面描述），[树]是树中的文件和[序列]的名称的文件，该文件将包含模拟的序列。树在PHYLIP格式文件必须包含一个或更多的树木。

根序列产生的序列被写入到标准输出（，因此可以重定向到输出文件> [文件名]）。其他信息，然后结果被写入到标准错误，因此将出现在屏幕上。

要求：

路相关 Java运行时

此版本中的新功能：

路的PAM（Dayhoff）和BLOSUM矩阵互换，这样会导致其他正在使用的，而不是指定一个。