汇集_Converge

收敛和平行进化的氨基酸序列水平上

此应用程序的开发，测试在氨基酸序列水平上的收敛性和平行进化。计算所观察到的收敛性和并行替换的概率是由于偶然的机会。此套件包含一个程序：converg2.exe，这是用C语言编写。

要使用该程序，你需要一个输入文件，其中包含的神器出山:www.shenqi73.com氨基酸序列，这些序列和树的拓扑结构（见lysozyme.aa的例子）。此文件的开头两个数字：序列和氨基酸位点（序列长度）的数目的数目。

将第二行的第一序列的名称，将第三行的第一序列，并依此类推。只有一个字母的代码（大写）允许的20种氨基酸序列中。序列应当对准和间隙或任何其他的符号已经被移除。该文件的最后一行是树的拓扑结构的序列。的树格式作为PHYLIP包（费尔森斯丁1995）中所用的是相同的。需要注意的是无根树，所以硝化而比bification的需要为最深的分支节点。