PhyloNet 2.3

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分析使用该应用程序的网状进化关系。

，

PhyloNet是一个方便，易于使用的工具，特别设计的网状（非树型）的进化关系的重建和分析，为用户提供了一套工具。特别是，该软件包包括从对种/基因树，推断基因的水平转移和检测序列比对的种间重组中的断点的功能。

另外，它具有用于读取/存储系统发育网络，和比较亲缘网络拓扑的神器出山:www.shenqi73.com能力。由于算法的亲缘网络的重建和评价利用域的系统进化树的算法技术，包装中还包含几个面向树的功能，比如计算协议子树的最大，罗宾逊Foulds距离的措施等模块

下面是一些主要特点“PhyloNet”：

路MAST - 最大共同子树
路的RF - Robinson-Foulds/Symmetric差异树措施
路RIATAHGT - 一个启发式HGT事件，用于检测从对物种/基因树
路LCA - 最常见的一组节点的祖先在树上
路RECOMP - 一个基于窗口的方法检测间的重组断点
路CHARNET - 计算集群，树木和tripartitions，在网络的工具
路CMPNETS - 用于计算两个网络之间的距离的工具
路NETPARS - 的亲缘网络的简约得分的工具
路COUNTCOAL - 枚举所有有效的成膜助剂场景内的基因的物种树的分支工具
路GENCPLEX - 用于产生一个MILP配方，可以解决的一个物种树由CPLEX的工具和一组基因的树
路GENST - 一个工具上最大的集兼容的集群产生种的树topoloties的。
路COMPUTE_ST（这个工具是一个Perl脚本） - 用于重建的物种基因树树从下聚结。
路INFER_ST - 用于推断物种基因树树。包含的方法包括：MDC，MDC时间，玻璃，延长了多数共识和民主投票。
路DEEP_COAL__COUNT - 额外的谱系数进行计数提供的由一组基因树和物种树
路SIM_GTINNETWORK - 模拟基因树木的亲缘网络模型中宇等。 2010年SYST生物学纸

要求：

路的Java

此版本中的新功能：

路在以前的版本中修正了一些错误。
路的新功能MDC。