CMView 1.1.1

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CMView 1.1.1

联系方式电子地图的可视化变得容易

CMView是一个方便，易于使用的，基于Java的交互地图可视化和分析应用。

CMView是一个软件工具，用于可视化和分析的蛋白质结构中的氨基酸残基之间的接触网络。

形式上，这网络是一个曲线图，其中每个残基对应于一个节点，并且当且仅当由边缘的神器出山:www.shenqi73.com两个残基是在接触的两个节点连接。两个残基被认为是接触的，如果它们在空间上接近的三维结构中。

在接触的定义CMView指定由两个paremeters：接触型和距离截止。接触类型定义的一个子集的残余物的原子。然后，两个残基i和j是接触的，如果两个原子满分这个子集，从i之一和一个从j，都没有进一步分开的距离比截止。

描绘的接触作为一个矩阵（正式地说，接触图的邻接矩阵的）网络被称为接触地图。

下面是一些主要特点“CMView”：

路联合联络图和三维结构图（使用PyMOL）
路各种IM和出口选项：PDB文件，在线PDB，图像导出，CASP预测格式和其他
路计算与用户定义的接触定义接触地图
路功能丰富的3D分子可视化集成利用PyMOL
使用内置的序列或结构比对的路的结构和联络图比较
路距离的地图，不同的地图，接触密度分析

要求：

路的Java