PyCogent 1.5.3

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PyCogent 1.5.3

基因组序列的分析与此Python工具

作为一个开放源码库，可用于基因组生物学

PyCogent。

PyCogent是一个工具，随机附送的第三方应用程序的控制器，连接到远程数据库和广义概率技术与生物序列。

此外，PyCogent是一种实用工具，可让您执行密码子的神器出山:www.shenqi73.com路线。经常添加新的方法分析基因组数据的。

要求：

·的Python 2.6或更高版本
· numpy的1.3或更高版本

此版本中的新功能：

新功能包括：
·添加一个withoutLostSpans，（）功能在cogent.core.annotation对象的方法。后有用排列顺序从一个跨越到另一个突出的特点。实施普通的功能和SimpleVariables，但并不xxy_list的变量。

变化：
·Span.remapWith（）更清楚一点在cogent.core.location。
·重映射代码在cogent.core.annotation和cogent.core.sequence的整理注释，使新的位置时，只计算一次切片，投影，或以其他方式重新映射的部分序列。旧的代码是不必要做了两次。

错误修正：
·修正了在BLAT应用控制器（cogent.app.blat）的将下降一些运行时的输入序列assign_dna_reads_to_protein_database的。
·出现在cogent.draw.compatibility防止负面的宽度时对齐方式太宽。