皮卡德1.85_Picard 1.85

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Java工具，可以让你的工作与BAM文件

皮卡德建为一组用Java编程语言的工具，使您可以使用新一代测序数据的BAM格式。

现在你可以使用所有可用的BAM文件的访问，方便基于命令行的工具，您可以管理组和工作。

要求：

·的神器出山:www.shenqi73.comJava

此版本中的新功能：

·错误的修复 - LittleEndianInputStream将挂在无限循环，如果EOF遇到过的空终止。
·包括特里布尔构建/测试主build.xml，一些重构。使用SAM版本号特里布尔
·移动org.broadinstitute.variant的Picard回购
·修改后的build.xml的变体类构建和打包成一个单独的jar
·做了必要的修改，运行单元测试
·合同的Java启用。现在，这些运行正常的“蚂蚁测试”的一部分。请注意，我们的测试是为“健谈”作为你的，所以会有一个短暂的停顿输出而变异测试运行。
·将所需的cofoja（合同的Java）和Apache Commons的依赖到lib /
·移动JEXLMap从顶层的文件VariantJEXLContext成员的自己的类
·CollectGcBiasMetrics.java：创建命令行参数（简称BS）处理亚硫酸氢钠测序读。 CollectGcBiasMetrics将使用亚硫酸氢盐的了解countMismatches（）如果为true。
·添加合并和SplitVcfs，两个实用程序的详细信息...